El origen del nombre que se le ha dado a este puerto se pierde entre la historia y la leyenda. Al retroceder en el tiempo y el espacio, se recuerdan las vivencias de nuestros progenitores y abuelos, surgiendo las leyendas y los pasajes históricos de nuestros ancestros.

La leyenda nos cuenta que los primeros pobladores que llegaron a estos litorales del mar del sur, a estas tierras con flora y fauna de extraordinaria belleza, espesos bosques de madera tropicales, eran hombres y mujeres provenientes de Tehuantepec, de origen Huaves, Chontales, Zoques, quienes a su vez fueron desplazados por los Zapotecas y Mixtecas; que se establecieron en diferentes tiempos y lugares. Estas civilizaciones contaban con marcada influencia de la cultura olmeca, quienes en vía de exploradores nómadas, para ampliar su poderío, su fuerza y desarrollo cultural, y atraídos por la explotación de la Laguna Colorada Ike-sidi-bia que les brindaba peces y otros productos marinos cuando estaba llena y sal cuando el agua de la laguna se agotaba, se asentaron en este lugar. Posteriormente con las conquistas llegaron misioneros católicos a evangelizar la población siendo rechazados por los lugareños, estos ante el rechazo de los pobladores trataron de ganar su afecto a través de la fe, y por ello una noche tramaron formar en medio de la laguna cuajada en sal una cruz la cual al verla constituyo un milagro que los hizo aceptar la fe católica siendo este el motivo del nombre sal y cruz unificado en Salina Cruz.se establecieron en diferentes tiempos y lugares.

Los zapotecas llegaron a formar y conservar su imperio por mucho tiempo, en Güiengola, hasta el arribo de los hombres blancos y barbados, capitaneado por el intrépido y voraz conquistador, Hernán Cortés. La historia nos dice que en 1527, Hernán Cortés llegó a las costas del Istmo de Tehuantepec y desde entonces, al conocer la Bahía de la Ventosa, previo a una ruta marítima fundando en este lugar un astillero, y un faro en la cima del cerro El Morro (1528), alimentado con aceite de tortuga dadas las buenas condiciones geográficas que les brindaba la madre naturaleza. Ahí fue donde se construyeron las embarcaciones que le sirvieron para conocer y conquistar las tierras de las costas de la Baja California, hoy golfo de Cortés y como un recuerdo de estas hazañas existe aun en el puerto de Salina Cruz el faro de Cortez. En mayo de 1527 Cortés envió al rey de España una carta de relación donde le informaba que había preparado 3 navíos que al mando de Álvaro Saavedra Cerón partieron de las costas de Tehuantepec para conquistar las mocucan.

En 1529 otra nave mas construida en la bahía de la ventosa al mando de Diego de Ocampo, viajo a Callao, Perú estableciéndose después en una ruta México- Perú. En 1532 por indicaciones de Cortés fueron preparados dos Barcos más los cuales capitaneados por Hernando de Grijalva y Diego Becerra con la misión de descubrir nuevas tierras en las costas de la mar del sur. En 1533 tres naves fueron armadas (San Tomas, Santa Águeda y San Lázaro) en las costas de Tehuantepec partiendo por órdenes de cortes al puerto de Chinameta. En 1534 de Tehuantepec parte la expedición de Hernando de Grijalva hacia California.

Por otros historiadores se sabe que el 6 de junio de 1528 Hernán Cortes recibió el título de “Marqués del Valle” cediéndole el rey de España las tierras conquistadas desde Cuernavaca hasta el Istmo de Tehuantepec, cuya área abarcaba el puerto que se encontraba instalado en lo que ahora es la Ventosa suceso conocido como “Puerto Cortez”. En 1531 el conquistador fue privado de este derecho debido a que el conquistador entró en conflicto con el ayuntamiento de Antequera al defender a Francisco de Paz a quien él nombro Alcalde Mayor y de quien el Ayuntamiento se quejaba por abusos de autoridad en su alcaldía.

Cortes objetó ante el consejo de ideas la determinación de la Real Academia, entablándose en el litigio que duró 29 años; en 1560 el fallo fue a favor de Cortes y como este ya había fallecido, al rey de España Felipe II reconoció como heredero don Martín Cortés hijo del conquistador, de todos los derechos sobre las villas, lugares y aldeas que fueron adjudicados a su padre.

En este fallo la Cedula Real decía que Tehuantepec con sus objetos que es puerto en el mar del Sur se guardaba para la Corona Real por lo que el Gobierno Virreinal tomo posesión del Puerto por su importancia para el comercio por el mar del sur y conquistas en Asia y a Oceanía. Sin embargo el puerto de Salina Cruz surge a raíz de las investigaciones realizadas para construir una central metro cerámica en el istmo de Tehuantepec a través de las cuales se llegó a la conclusión de que el embarcadero de la Santa Cruz era el mejor lugar para construir un Puerto artificial por medio de un decreto Presidencial se ordenó que las oficinas gubernamentales que tenían su asiento en la ventosa se trasladaran a Salina Cruz y el entonces presidente Don de Benito Juárez García en un 10 de mayo de 1871 lo declaro legalmente como Puerto de Altura. Desde entonces se celebra según la costumbre una fecha fastuosa con 3 días de fiesta 10, 11, y 12 de mayo.

Al año siguiente, el 5 de febrero de 1872, nace Salina Cruz como puerto, la que fue una aldea, una congregación de humildes pescadores, por disposición del superior gobierno, quien se comprometió, oficialmente, a promover el desarrollo comercial y económico de la entidad, inicia su alborada. Acontecimiento de mucha trascendencia. Dirigía los destinos de la patria, el ilustre mexicano, paladín del pensamiento liberal, el Lic. Don Benito Pablo Juárez García.

Afines del siglo XIX y en los albores del siglo XX, Salina Cruz crece aceleradamente, con motivos de Tehuantepec, trabajadores de otras latitudes del mundo, los ferrocarriles transistmico no se dan abasto para el transporte de pasajeros y materiales, ya que la compañía inglesa Pearson planifica, construye el puerto y la ciudad, a partir de 1894; el comercio es notorio, la población asciende a 738 habitantes (1 de diciembre de 1900), influyendo a los integrantes del campamento de trabajadores.

El 20 de enero de 1901, Salina Cruz deja de ser agencia municipal para convertirse en el municipio libre, teniendo el alto honor y gran compromiso histórico de ser el primer presidente municipal del puerto, el DR. Roberto Medina Jiménez. Así mismo, el registro civil comienza a controlar los nacimientos y defunciones de esta naciente ciudad, con un progreso relevante para unir el Océano Atlántico con el pacífico, a través del puerto México, Ver, y el puerto de Salina Cruz Oaxaca.

El puerto de Salina Cruz, fue considerado municipio libre desde el 20 de enero de 1901. En el puerto de Salina Cruz el 35% de habitantes NATIVOS, y el 65% de la población originaria de diferentes partes de la república y de otras latitudes del mundo. Sus colindancias son al norte, con los municipios de santo domingo Tehuantepec y San Blas Atempa: al sur con el Golfo de Tehuantepec, al este; con los municipios de San Mateo del mar, San Pedro Huilotepec y el Golfo de Tehuantepec y al oeste con el municipio de Santo Domingo Tehuantepec.

La historia moderna empieza a finales de los años 70 con la construcción y puesta en marcha de la Refinería "Ing. Antonio Dovalí Jaime" de Petroleos Mexicanos, en donde se refinan hasta 330 mil barriles por día de petroleo crudo extraído en el país y se exporta a todo el mundo a través de barcos petroleros que llegan y se abastecen en boyas ubicadas en alta mar; es por esto que el puerto se ha convertido en uno de los más importantes a nivel nacional y es reconocido a nivel mundial.

A principios del 2012, grandes inversiones llegaron al puerto que levantaron el animo de la ciudadania, con un gran repunte en el aspecto económico y social, con estas inversiones se inició la construcción de una de las tiendas departamentales más importantes del país, Liverpool, y también de supercentros comerciales como Sam's Club y Walmart. A finales del año 2012 se inauguró la primera plaza comercial de la ciudad llamada Pabellón Salina Cruz, también a esta plaza se le suma el proyecto de "Galería Metropolitana del Istmo" conformada por Soriana, Cinepolis y Home Depot; "Galerías Istmo" conformada por Liverpool que actualmente ya opera en el puerto. La ciudad hoy por hoy se considera una de las más importantes del sur por su industria petrolera y pesquera, y próximamente comercial y social.